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Optimization of DNA template cleavage on microarray mediated by uracil DNS glycosylase

Pavlic, Angelina (2016) Optimization of DNA template cleavage on microarray mediated by uracil DNS glycosylase.
Masterarbeit, Universität Wien. Fakultät für Chemie
BetreuerIn: Somoza, Mark Manuel
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URN: urn:nbn:at:at-ubw:1-24236.31124.972558-6
URN: urn:nbn:at:at-ubw:1-24236.31124.972558-6

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Abstract in Englisch

Maskless photolithographic synthesis of DNA microarrays containing dU, is performed to determine the kinetics of Uracil DNA Glycosylase (UDG) on microarrays. Chemically unstable abasic sites generated by UDG, allow DNA strand to be degraded by exposure to basic or acidic conditions, or by evaporation to dryness. The kinetics of UDG, as well as the optimal degradation chemistry, was monitored via the hybridization signal of sequences containing a variable number of dUs connected to the microarray surface with a DNA linker. Sequence-dependence of UDG activity, is determined by synthesizing microarrays with sequences containing a single dU, 6 permuted bases, and a hybridizable sequence. The resulting data is used to optimize the degradation of the template DNA sequences after the enzymatic conversion of DNA microarrays to RNA microarrays.

Schlagwörter in Englisch

DNA microarrays / RNA microarrays / Uracil DNA Glycosylase / abasic site / photolithographic synthesis

Abstract in Deutsch

Um die Kinetik von UDG auf Microarrays zu bestimmen wird die maskenlose photolithographische Synthese von DNA Microarrays, die dU enthalten, durchgeführt. Die von UDG generierte, chemisch instabile AP-Stelle ermöglicht eine Degradierung des DNA-Strangs durch Einwirkung von Base, Säure oder durch Evaporieren zur Trockene. Sowohl die Kinetik von UDG, als auch die Chemie der Degradierung werden mithilfe des Hybridisierungs-Signals von Sequenzen bestimmt, die eine unterschiedliche Anzahl an dU enthalten, und mit einem DNA-Linker an die Oberfläche von Microarrays gebunden sind. Die Sequenz-Abhängigkeit der UDG-Aktivität wird durch die Synthese von Sequenzen bestimmt, die ein dU, 6 permutierte Basen und eine hybridisierbare Sequenz enthalten. Die Ergebnisse werden für die Optimierung der Degradierung der Templat-DNA-Sequenz nach der enzymatischen Umwandlung von DNA-microarrays zu RNA-microarrays verwendet

Schlagwörter in Deutsch

DNA Microarrays / RNA Microarrays / Uracil DNA Glycosylase / AP-Stelle / photolithographische Synthese

Dokumentenart: Hochschulschrift (Masterarbeit)
AutorIn: Pavlic, Angelina
Titel: Optimization of DNA template cleavage on microarray mediated by uracil DNS glycosylase
Umfangsangabe: VI, 95 Seiten : Illustrationen, Diagramme
Institution: Universität Wien
Fakultät: Fakultät für Chemie
Studiumsbezeichnung bzw.
Universitätslehrgang (ULG):
Masterstudium Biologische Chemie
Publikationsjahr: 2016
Sprache: eng ... Englisch
BetreuerIn: Somoza, Mark Manuel
BeurteilerIn: Somoza, Mark Manuel
Klassifikation: 35 Chemie > 35.75 Nukleinsäuren
35 Chemie > 35.74 Enzyme, Hormone, Vitamine
35 Chemie > 35.79 Biochemie: Sonstiges
AC-Nummer: AC13347679
Dokumenten-ID: 41748
(Das PDF-Layout ist ident mit der Druckausgabe der Hochschulschrift.)

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